1994年學(xué)校成立成人教育處，1995年更名為成人教育學(xué)院，1999年成立繼續(xù)教育學(xué)院。學(xué)院內(nèi)設(shè)教學(xué)管理科、繼續(xù)教育科、學(xué)生管理科、辦公室4個科室，作為學(xué)校的行政管理部門，負責統(tǒng)管全校的繼續(xù)醫(yī)學(xué)教育、進修教育、住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)、?？漆t(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)、高等學(xué)歷繼續(xù)教育、高等教育自學(xué)考試、有關(guān)非學(xué)歷教育培訓(xùn)，以及全省衛(wèi)生專業(yè)技術(shù)人員繼續(xù)教育知識更新培訓(xùn)等工作。

我校是全國醫(yī)學(xué)院校中最早舉辦成人高等學(xué)歷教育本科的院校之一，從1956年3月至1966年5月，招收了五期共975名夜大學(xué)學(xué)員?！拔母铩焙笥?981年恢復(fù)招生，開設(shè)了夜大學(xué)本科臨床醫(yī)學(xué)、護理學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、醫(yī)學(xué)檢驗學(xué)、放射線等專業(yè)及?？菩l(wèi)生管理專業(yè)；以后陸續(xù)開設(shè)不同辦學(xué)形式和辦學(xué)層次的口腔醫(yī)學(xué)、護理學(xué)、預(yù)防醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、公共事業(yè)管理、醫(yī)學(xué)檢驗學(xué)、醫(yī)學(xué)影像學(xué)和藥學(xué)專業(yè)。1997年受原衛(wèi)生部地病司委托，開設(shè)成人高等教育脫產(chǎn)專科預(yù)防醫(yī)學(xué)專業(yè)，面向全國招生。1984年至2016年共畢業(yè)本?？?2951人,其中?？?0024，專升本11435人，高起本1492人。1989年我校成為黑龍江省高等教育自學(xué)考試護理學(xué)專業(yè)唯一主考院校。1996年夜大學(xué)經(jīng)原國家教委和省教委全面評估被評為辦學(xué)優(yōu)良學(xué)校。2006年我校被教育部評為全國成人高校招生工作先進集體，被省教育廳評為全省成人高等教育工作先進單位。2013年在教育廳全省高等學(xué)歷繼續(xù)教育（成人高等教育）教學(xué)工作檢查過程中，我校被確定為首家示范單位。

為完善畢業(yè)后醫(yī)學(xué)教育制度，更好地培養(yǎng)合格臨床醫(yī)學(xué)專門人才，我校于1996年在全省率先正式啟動了住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)，1997年成立“哈爾濱醫(yī)科大學(xué)臨床住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)委員會”，相繼出臺了《哈爾濱醫(yī)科大學(xué)臨床住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)手冊》《哈爾濱醫(yī)科大學(xué)臨床住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)方案》。1999年我校成為黑龍江省唯一獲得原衛(wèi)生部授權(quán)頒發(fā)《臨床住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)合格證書》單位。2014年繼續(xù)教育學(xué)院被省衛(wèi)生計生委確定為黑龍江省住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)考試中心。2016年經(jīng)省衛(wèi)生計生委批復(fù)，我校將在全省率先啟動?？漆t(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)工作，為建立與住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)制度緊密銜接的?？漆t(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)制度積累經(jīng)驗。2017年1月,為落實省衛(wèi)生計生委《關(guān)于籌建黑龍江省專科醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)制度試點工作的函》（黑衛(wèi)科教函﹝2017﹞2號）,學(xué)校以繼續(xù)教育學(xué)院為依托成立黑龍江省?？漆t(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)管理辦公室,負責全省?？漆t(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)的日常工作。

我校十分重視繼續(xù)醫(yī)學(xué)教育工作。從五、六十年代開始，我校開展了旨在提高基層衛(wèi)生技術(shù)人員醫(yī)療水平的進修教育，為省內(nèi)兄弟院校和各級醫(yī)療單位培養(yǎng)師資和臨床醫(yī)師，累計培養(yǎng)和培訓(xùn)各類衛(wèi)生技術(shù)人員已達數(shù)萬人次。1984年至2016年，進修教育培訓(xùn)合格并獲得培訓(xùn)證書的學(xué)員共22013人。八十年代初，受原衛(wèi)生廳和原省教委的委托，舉辦了多批專業(yè)證書班和各種短訓(xùn)班。九十年代開始，我校又相繼開展了對各類人員的在職培訓(xùn)，以及國家級、省級和校級的繼續(xù)醫(yī)學(xué)教育項目；1996年至2016年，共舉辦各類繼續(xù)醫(yī)學(xué)教育項目2081項，培訓(xùn)25.53萬人次。2003年，我校成立了“哈爾濱醫(yī)科大學(xué)繼續(xù)醫(yī)學(xué)教育委員會”（同時“哈爾濱醫(yī)科大學(xué)臨床住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)委員會”并入該委員會），逐步建立和完善了相關(guān)規(guī)章制度。2004年我校成為中國高等教育學(xué)會繼續(xù)教育分會常務(wù)理事單位。2009年繼續(xù)教育學(xué)院成為中華醫(yī)學(xué)會醫(yī)學(xué)教育分會繼續(xù)醫(yī)學(xué)教育學(xué)組副組長單位。2010年開始，受省人社廳委托，我校開展了面向全省衛(wèi)生專業(yè)技術(shù)人員的繼續(xù)教育知識更新培訓(xùn)。2011年我校成為全國衛(wèi)生專業(yè)技術(shù)資格考試試題開發(fā)基地。2013年省教育廳通報表揚我校非學(xué)歷繼續(xù)教育工作。

學(xué)校始終恪守嚴謹治學(xué)、質(zhì)量第一的辦學(xué)宗旨，為社會培養(yǎng)了大批醫(yī)療衛(wèi)生技術(shù)人才，獲得了用人單位的廣泛好評，贏得了良好的社會聲譽。目前，哈爾濱醫(yī)科大學(xué)繼續(xù)教育工作由學(xué)歷教育和非學(xué)歷教育并重，轉(zhuǎn)向以非學(xué)歷教育為主的住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)、專科醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)、繼續(xù)醫(yī)學(xué)教育、進修教育及有關(guān)非學(xué)歷繼續(xù)教育培訓(xùn)等，貫徹落實國家相關(guān)政策，面向社會按需辦學(xué)，積極推進教育改革，保證并不斷提高教育質(zhì)量，努力成為黑龍江省的醫(yī)學(xué)人才繼續(xù)教育中心。